Drukkerij van der Eems is vanaf 14 april 2011 ISO 9001 gecertificeerd. Dit is een ISO certificering mbt kwaliteit en processen. Drukkerij van der Eems werkt al jaren volgens vaste procedures en werkinstrukties om dmv een gecontroleerd proces een gegarandeerd goed product af te kunnen leveren. Middels regelmatig werkoverleg met elke afdeling worden gezamenlijk de procedures continu geoptimaliseerd. Het verkrijgen van deze ISO 9001 certificering is een opsteker voor alle medewerkers van drukkerij van der Eems.
Naast deze ISO 9001 certificering is drukkerij van der Eems reeds in het bezit van ISO 14001 certificering (milieu ) en is de drukkerij FSC-gecertificeerd (gebruik FSC-logo voor papier uit goed beheerde bossen).